В конце 19 века, после игумена Дамаскина, власть в монастыре перешла к его приемнику и ученику, иермонаху Ионафану Второму. Новый настоятель продолжил дело своего учителя по благоустройству монастыря.Это были самые спокойные и благостные для Валаама годы.
При Ионафане на острове появилось несколько заводов – кожевенный, смоляной, кирпичный, хлебные амбары и скотные дворы. Библиотека при монастыре пополнилась более, чем полутора тысячью книг.
Самым главным достижением Ионафана Второго считается Спасо-Преображенский собор.
Достроили его уже незадолго до смерти игумена, а скончался тот 20 января 1891 года.
Преемником Ионафана Второго стал игумен Гавриил. Его достижением стало окончание строительства Спасо-Преображенского храма. Украсили собор иконы, выполненные, по большей части, в Валаамской школе живописи.
Главный престол нижней церкви собора освятили в июне 1892 года, во имя преподобных Сергия и Германа Валаамских. На церемонии присутствовал великий князь Владимир Александрович с семьей. Боковой и нижний пределы освятили через год, а в 1896 году была освящена и верхняя церковь, во имя Преображения Господня.
За время правления игумена Гавриила, в трех скитах Валаама были построены церкви, в Никоново был заложен храм в честь Воскресения Христова. Не оставлены были без внимания и братские корпуса. Внешнее каре получило третий этаж. Гавриил также вошел в историю как игумен, при котором были положены на ноты богослужебные песнопения, до той поры передававшиеся исключительно из уст в уста.
Следующим игуменом на Валааме стал Виталий, начавший свое правление уже в 20 веке, в 1903 году. Правил он всего два года. При Виталии освятили храм в Германовском скиту, в честь святого князя Александра Невского.
Приемником игумена Виталия стал иеромонах Пафнутий, также возглавлявший братию всего два года. За время своего недолгого правления, Пафнутий, также, вложил немало сил в благоустройство острова.
С 1908 года, правление на Валааме перешло в руки игумена Маврикия. При нем продолжилось строительство монастыря, возведены несколько новых церквей и скитов. При Маврикии завершилась постройка известного Гефсиманского скита, прославившегося как часть «русского Иерусалима» на Валааме.
В 1914 году, остров получил еще одну церковь, в Смоленском скиту. Ее выстроили на средства Великого Князя Николая Николаевича, для поминовения воинов, погибших в Первой Мировой войне, разразившейся в то время. Тогда на службу были призваны и обитатели Валаама. На фронт ушли 264 насельника.
Посетив осенью 1917 года Поместный собор, игумен Маврикий внезапно тяжело заболел и скончался в начале 1918 года. Его последователю, игумену Павлину, досталось правление в самое сложное для православной церкви время, с 1918 по 1934 годы.
