18 мая 1595 года, Россия и Швеция, наконец, заключили мир. Древние новгородские территории вновь были возвращены России. Тогда, царь Федор Иоаннович направил своих воевод на вновь обретенные земли, дабы посмотреть, в чем нуждается народ в Кореле (теперь это город Приозерск). Вместе с воеводами отправился и святитель, чтобы укрепить православную веру среди северных народов, долгое время угнетаемых иноверцами.
Побывали царские посланцы и на Валааме. Донесение о Валаамской обители, терпящей лишения после набегов шведских войск, было составлено и передано царю боярином Борисом Годуновым.
В ответ на него, 8 ноября 1597 года, царь повелел выделить из казны средства на восстановление монашеской обители, возведение новых церквей, келий и прочих построек. Как и раньше, монастырю было предоставлено право владения рыбными ловлями, угодьями и прочим.
Вотчины, спасшего в свое время от гибели валаамских монахов, Антониева Дымковского монастыря, также были предоставлены в распоряжение Валаамского монастыря до тех пор, пока крестьяне не придут на монастырские земли. Благодаря царской помощи, обитель была возрождена и полностью восстановилась.
Были возведены новые церкви, отлиты колокола. Старцы и сами смогли собрать на восстановление монастыря немалые средства, благодаря пожертвованиям. Но простояла восстановленная обитель недолго.
В 1611 году шведские войска вновь стерли ее с лица земли. Игумен Макарий и братия были убиты, монастырь полностью сожжен, уцелели только святые мощи, спрятанные глубоко в скалах. Остров опустел. Таким образом, шведы хотели полностью овладеть северным островом. На месте уничтоженного монастыря, они простроили свои дома, которые достаточно долго простояли на Валааме. О них упоминает Архимандрит Макарий, настоятель Тихвинского монастыря, в своем прошении, датированном 1696 годом.
Не смогли подвергнуть поруганию шведы лишь мощи святых Сергия и Германа, тщательно спрятанные монахами. Они собирались извлечь их и публично уничтожить, но, согласно преданию, Господь послал на их головы несчастья. С тех пор, попыток уничтожить святые мощи больше не предпринималось. Мало того, шведы настолько уверовали в святость преподобных, что выстроили на том месте, где покоились мощи, часовню.
В 1617 году между Россией и Швецией был подписан, так называемый, Столбовский договор. Согласно этому договору, Россия уступала Карелию, Ингерманландию и Кексгольм. Следовательно, и остров Валаам в течение более ста лет находился во власти чужеземцев. Все это время на острове царило запустение и разруха.
