В 1944 году на Валаам прибыли, так называемые, бойцы тылового подразделения. Так громко именовались несколько девушек, которые должны были обеспечивать фронт молоком и молочными продуктами.
К 1949 году на острове уже существовал целый совхоз.
В 1952 году на Валааме расположился дом престарелых и инвалидов, который проработал до 1984 года.
В результате, все, что веками создавалось трудолюбивыми монахами и православными верующими, было немилосердно разрушено в считанные годы.
Спасо-Преображенский собор лишился своей уникальной живописи, в нижнем храме было устроено овощехранилище, что тоже, конечно, не способствовало сохранности архитектурных и живописных шедевров. Алтарь Успенской церкви теперь стал магазином. Воскресенский скит отдали под турбазу, обитатели которой разбирали деревянные строения на дрова. Каменные же строения служили источником бесплатного строительного материала.
В середине 20 века сгорел Ильинский скит, расположенный на острове Лембос. Потом были уничтожены Назариевская пустынь, сожжено или разобрано на дрова порядка 20 часовен. Тогда же, в 50-х годах, до фундамента разобрали и Коневский скит. А церковь, к тому времени перевезенная в центральную усадьбу, также не избежала участи остальных деревянных строений, погибших в огне.
Последняя из уцелевших деревянных часовен, Покровская, сгорела уже в 1982 году.
Правда, в 1965 году, власти все-таки вспомнили о Валламе и решили дать ему частичную возможность возродиться. Сначала, остров был объявлен природным заказником.
В 1979 году на Валааме уже существовал природный музей-заповедник и историко-архитектурный музей. Некоторые монастырские постройки перешли под охрану государства, как памятники архитектуры.
Тогда же появились грандиозные проекты по приданию острову статуса некоего развлекательного комплекса для туристов. Здесь хотели протянуть канатную дорогу, устроить аэродром, а в соборе установить орган. Кроме того, на острове хотели построить поселок, приблизительно на тысячу жителей. Планы эти так и остались нереализованными, скорее всего, к счастью.