Расположение острова посреди огромного озера, сказалось и на его климате. Весна на острове наступает на полмесяца позже, чем на материке, а первые теплоходы отправляются на него лишь в начале мая, когда на Валааме только-только растаял снег. Теплоходы, обычно, сопровождаются ледоколами, призванными защищать их от ледяных торосов.
Валаамское лето гораздо солнечнее и мягче, чем на материке. Солнце здесь светит дольше на целый месяц. Невозможно передать и красоту белых ночей на острове. Самая короткая длится меньше четырех часов. Туристы приезжают на остров в это время, чтобы полюбоваться на серебристую поверхность озер и красиво вырисовывающиеся на светлеющем небе контуры колоколен и деревьев. Летом температура воздуха на острове, обычно, не превышает 20°С, но иногда, когда солнце сильно нагревает поверхность скал, она может подниматься и выше 30°С.
С наступлением календарной осени, растительность острова приобретает яркую багровую и золотую окраску. Кроме того, что это очень красивое время года, оно и самое непредсказуемое и даже опасное. В октябре наступает время бурь и штормов. Дует настолько сильный ветер, что он способен вырывать с корнем деревья и вызывать на озере волны, высотой с двухэтажный дом.
Зимой на остров можно попасть только по воздуху. Правда, ближе к февралю, если лед устоялся, прокладывается автомобильная дорога до Сортавалы. Зима на острове, обычно, мягкая и снежная. Температура около -8°С, часто случаются оттепели, а снежный покров ложится чуть ли не метровый.