На Валааме доминирует три цвета, которые отчетливо видны, если плыть на остров по воде. В темно-серый цвет окрашены скалы, медно-золотой – цвет стволов сосновых деревьев и ярко-зеленый – крон деревьев. Весной же, сильно разросшиеся кусты сирени, окрашивают весь остров буйными красками бело-розово-фиолетовых оттенков.
Около каждого скита и в центральной усадьбе высажено большое количество садов. В них можно насчитать около 60 сортов яблонь и большое количество ягодных кустарников.
К концу правления отца Дамаскина на острове произрастало более полутысячи фруктовых деревьев. К концу 20 века их осталось около половины, но в 1987 году на острове организовали питомник, в котором выращивали саженцы, пополняющие сады. Около половины всех цветущих растений, которые насчитываются на территории Карелии, можно встретить на Валааме.
Монахи выращивали на землях острова богатые урожаи, кормившие в свое время весь монастырь. Толщина грунта на скалах была всего 10 см, кроме того почва очень насыщена железом. Это хорошо видно по красноватому оттенку лесных тропинок. Прежде всего, чтобы сделать почвенный слой плодородным, монахи насыщали его известью, вносили навоз. Местами, земляной слой был настолько тонким, что его приходилось увеличивать, привозя почву с большой земли. Для полива огородов и садов, монахи соорудили дренажную систему, которая сейчас требует капитального ремонта.
Кроме того, здесь обитает более 120 видов птиц и около 10 видов млекопитающих, самые крупные из которых – лоси. Хищников на острове нет, поэтому лоси расплодились здесь в огромных количествах. Из ядовитых змей – только гадюка.
